1938 begann man die bis anhin leeren Hüppen als erste Firma/Manufaktur mit einer Praliné-Masse zu füllen. Bis heute die beliebteste Füllung für Gottlieber Hüppen. Durch die Rationierung während der Kriegsjahre wurde der Geschäftsgang stark gehemmt, weil nicht genügend Rohstoffe bezogen werden konnten. Nach dem Tod der Gründerin 1952 übernahm deren Tochter Berty Wegeli das Geschäft. Mit grossem Einsatz und Hartnäckigkeit gelang es ihr, das solide Fundament für den heutigen Betrieb zu schaffen und den ausgezeichneten Ruf der Gottlieber Hüppen in der Bodenseeregion und der Schweiz zu begründen. Walter Brauchli, Sohn einer Schwester von Berty Wegeli, stand ihr zur Seite. Nach der Übernahme des Betriebs im Jahre 1959 leitete er schrittweise die Technisierung der Manufaktur ein.
1977 wurde mit dem Eintritt von Urs Brauchli die Weiterführung des Betriebs in derselben Familie sichergestellt. 1978 begann man, für die Schweizer Eisindustrie mit modernen Instrumenten Cornetswaffeln herzustellen. Im Frühling 2000 war die wichtige strategische Entscheidung bereits realisiert, die Produktion auszubauen. Unter Wahrung höchster Qualität wurden weitere Kapazitäten geschaffen, um auch für die sehr anspruchsvolle Kundschaft aus der Schokoladenindustrie massgeschneiderte Halbfabrikate, sprich «Füllungen», zu produzieren. Im Jahr 2005 wurde das eigene Seecafé mit Manufakturladen direkt am Seerhein (neben der Manufaktur) eröffnet.
2008 wurde das Unternehmen im Zuge der Nachfolgelösung in «junge» Hände übergeben. Der Thurgauer Dieter Bachmann übernahm als Hauptaktionär die Aktien der Gottlieber Spezialitäten AG und sicherte damit den Fortbestand dieser Perle am Seerhein als inhabergeführtes und unabhängiges Unternehmen. Ab 2009 investierte man stark in die Produktion und das Seecafé wurde sanft umgebaut sowie mit einem grösseren Manufakturladen ergänzt.
2012 eröffnete im Zentrum von Winterthur ein neuer Flagshipstore: das «Gottlieber Sweets & Coffee». Nur ein Jahr später, 2013, öffnete in Guangzhou (China) das erste ausländische «Gottlieber Sweets & Coffee» seine Tore. Am 1. Mai 2015 begann mit der Eröffnung des Gottlieber Boutique-Hotels «Die Krone» mit Restaurant ein ganz neues Abenteuer. Zudem wurde das Seecafé in Gottlieben renoviert und neu eingerichtet. 2018 konnte in Zusammenarbeit mit der Buchhandlung Orell Füssli ein neues «Gottlieber Sweets & Coffee» in Basel eröffnet werden. Im selben Jahr wurde das Gottlieber Hotel «Die Krone» in neue Hände übergeben. Im März 2019 wurde die Partnerschaft mit Orell Füssli verstärkt und es eröffneten zwei weitere Cafés in den Räumen der Buchhandlungen: die beiden «Gottlieber Sweets & Coffees» in Aarau und Pfäffikon SZ (Seedammcenter). Im Sommer 2020 folgte die Eröffnung des «Gottlieber Sweets & Coffes» in Regensdorf.
Heute sind durchschnittlich 60-80 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter im Thurgauer Traditionsunternehmen beschäftigt.